แหล่งโบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์

แหล่งอยู่อาศัย, สุสาน, ป้อมค่าย

การขุดค้นสำรวจและขุดค้นของคณะสำรวจไทย-เดนมาร์ก ระหว่างปี พ.ศ.2503-2505 พบหลักฐานทางโบราณคดีที่สำคัญ (สำนักศิลปากรที่ 2 สุพรรณบุรี 2552) คือ

โครงกระดูกมนุษย์สมัยหินกลาง 1 โครง

เครื่องมือหินกะเทาะแบบหัวบิเนียน

ลูกปัดหินทรงกระบอก

เศษภาชนะดินเผาแบบที่พบจากแหล่งโบราณคดีบ้านเก่า

กระดูกสัตว์

เปลือกหอยน้ำจืด

เปลือกหอยทะเล

ยุคทางโบราณคดี — ยุคก่อนประวัติศาสตร์, ยุคประวัติศาสตร์

สมัย/วัฒนธรรม — สมัยสำริด, สมัยหินใหม่, สมัยอยุธยา, สมัยหินกลาง

ถ้ำตั้งอยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำแควน้อย ห่างจากคุ้งน้ำแควน้อยไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือประมาณ 65 เมตร หันปากถ้ำไปทางทิศตะวันตกเฉียงใต้

ปัจจุบันพื้นที่แหล่งโบราณคดีถ้ำพระไทรโยคอยู่ในพื้นที่ "โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี"

ถ้ำตั้งอยู่ในเขาหินปูน ในกลุ่มหินราชบุรียุคเพอร์เมียน (245-286 ล้านปีมาแล้ว) ท่ามกลางพื้นที่โดยรอบที่เ่ป็นแนวเทือกเขาหินปูน (ยุคเพอร์เมียน) และพื้นที่ทับถมของตะกอนน้ำพาและตะกอนตะพักลำน้ำของแม่น้ำแควน้อย